Ενδεικτικά αναφέρονται μερικοί βασικοί στόχοι του οργανισμού:
Μελέτη των προοπτικών αλλά και των προβλημάτων που αντιμετωπίζουν οι θαλάσσιες μεταφορές τόσο από περιβαλλοντικής όσο και από οικονομικής πλευράς.
Υποστήριξη του συντονισμού, των συνεργασιών και του συνεργατισμού μεταξύ εμπλεκομένων φορέων στους τομείς περιβάλλον και θαλάσσιου οικοσυστήματος.
Δράσεις ενημέρωσης, εκπαίδευσης και ευαισθητοποίησης για την προστασία, αειφόρος διαχείριση & αξιοποίηση του φυσικού περιβάλλοντος όλων των ηλικιών και ιδιαίτερα των νέων.
Συμβολή στην διασφάλιση ενός υψηλής ποιότητας περιβάλλοντος διαβίωσης, μέσα από μια σαφή και ολοκληρωμένη θεώρηση των τριών διαστάσεων της ζωής, οικονομία, κοινωνία, περιβάλλον.
Ενθάρρυνση της συμμετοχής των πολιτών στην ολοκληρωμένη διαχείριση των περιβαλλοντικών θεμάτων, για τον αστικό και αγροτικό χώρο στο σύνολο τους, θέτοντας σαφείς στόχους , δράσεις και προγράμματα παρακολούθησης, που θα συνδέουν τις περιβαλλοντικές πολιτικές με τις οικονομικές και κοινωνικές πολιτικές.
Διάδοση και υποστήριξη της ανακύκλωσης, ενημέρωση και υποστήριξη δράσεων για την υιοθέτηση ανανεώσιμων πηγών ενέργειας. Διερεύνηση ανάπτυξης θαλάσσιων ανανεώσιμων πηγών ενέργειας (εγκατάσταση ανεμογεννητριών μέσα στη θάλασσα, εκμετάλλευση παλιρροϊκής ενέργειας κτλ). Ανάδειξη και προστασία του φυσικού περιβάλλοντος από τις αλόγιστες ανθρώπινες ενέργειες. Προστασία των άγριων ζώων στο φυσικό τους περιβάλλον και των αδέσποτων ζώων στο αστικό περιβάλλον.
Συστηματική προώθηση ενός προτύπου «αειφορικής αγροτικής ανάπτυξης» μέσα από την ενημέρωση των αγροτών σχετικά με ήπιες γεωργικές πρακτικές, φιλικές προς το περιβάλλον, τη διαφύλαξη της ποιότητας των αγροτικών προϊόντων και τη διατήρηση των παραδοσιακών αγροτικών τοπίων μεγάλης οικολογικής αξίας.
Παραγωγή και αξιοποίηση νέας γνώσης στον αγροδιατροφικό τομέα για την αναβάθμιση των τοπικών προϊόντων και την ανάπτυξη νέων εξειδικευμένων τροφίμων για ειδικές κατηγορίες πληθυσμού και ειδικές χρήσεις.
Ενίσχυση και διατήρηση του ανθρώπινου δυναμικού και των δεξιοτήτων καινοτομίας στον αγροδιατροφικό τομέα.
Συνεργατική καινοτομία και διασύνδεση του αγροδιατροφικού τομέα με τον τουρισμό και τον πολιτισμό, την παράδοση και την ιστορία της χώρας σε θέματα περιβάλλοντος και θαλάσσιου οικοσυστήματος.
Επεξεργασία των συνθηκών και την υποστήριξη της αύξησης της ζήτησης του τουρισμού, του αγροτουρισμού και του τουρισμού υπαίθρου.
Ανάληψη αναπτυξιακών πρωτοβουλιών, οργάνωση μελετητικών – ερευνητικών ομάδων, αποστολών και δράσεων στην Ελλάδα και το εξωτερικό.
Διοργάνωση εκδηλώσεων επιστημονικού και κοινωνικού διαλόγου (ημερίδες, συνέδρια, σεμινάρια, cross meetings, κλπ) για τα θέματα περιβάλλοντος και θαλάσσιου περιβάλλοντος.